ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติ ตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน 2514 โดยความช่วยเหลือเบื้องต้นจากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในเรื่องบุคลากรและอาคารสถานที่ ความช่วยเหลือจากรัฐบาลประเทศอังกฤษทางด้านครุภัณฑ์ และการบริหารงานโดยคณะกรรมการบริหารศูนย์ฯ สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ ปัจจุบันการดำเนินงานได้รับงบประมาณสนับสนุนจากรัฐบาลไทยผ่านสำนักงานคณะกรรมการสภาวิจัยแห่งชาติ ทางด้านเจ้าหน้าที่ นักวิชาการ เจ้าหน้าที่ธุรการ พนักงานห้องปฏิบัติการ ผู้ช่วยนักวิจัย และคนงาน และการดำเนินการอื่นๆ รวมถึงงบประมาณอุดหนุนการวิจัยด้วย
               ศูนย์ฯ ดำเนินงานในลักษณะเป็นโครงการเคลือข่ายและความร่วมมือ (Collaborative Network) ระหว่างมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ ร่วมกับมหาวิทยาลัยต่างๆ และหน่วยงานราชการและรัฐวิสาหกิจรวม 18 หน่วยงาน ภายใต้การประสานงานโดยสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติละการบริหารงานโดยคณะอนุกรรมการบริหารศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติ ซึ่งขึ้นตรงต่อคณะกรรมการบริหารสภาวิจัยแห่งชาติ

 

 

ดำเนินงานส่วนกลางอยู่ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน กรุงเทพฯ และมีศุนย์ส่วนภูมิภาคต่างๆ คือ

ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติภาคกลาง ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม

ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติภาคเหนือตอนบน ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยแม่โจ้ จังหวัดเชียงใหม่

ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติภาคเหนือตอนล่าง ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก

ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนบน ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยขอนแก่น จังหวัดขอนแก่น

ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่างั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี จังหวัดอุบลราชธาน

ศูนย์วิจัยควบคุมศัตรูพืชโดยชีวินทรีย์แห่งชาติใต้ ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา

หน่วยราชการอื่นๆที่ร่วมปฏิบัติงานในเครือข่ายโครงการดำเนินงานและโครงการวิจัยของศูนย์ฯ

           ในส่วนของทบวงมหาวิทยาลัยนอกเหนือจากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่โจ้ มหาวิทยาลัยนเรศวร มหาวิทยาลัยขอนแก่น มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ คือ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดล และมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ในส่วนของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ คือ กรมวิชาการเกษตร กรมส่งเสริมการเกษตร กรมป่าไม้ กรมชลประทาน กรมประมง กรมปศุสัตว์ ในส่วนของกระทรวงสาธารณสุข คือ สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย กระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม และการไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย และสำนักงบประมาณ
               การดำเนินงานของศูนย์ฯ ได้รับงบประมาณประจำปีจากสำนักงบประมาณผ่านสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ เพื่อการดำเนินงานของศูนย์ฯ ทั้งด้านการบริหารและพัฒนางานดำเนินการและสนับสนุนโครงการวิจัย งานบริการการศึกษาและฝึกอบรม และการดำเนินงานด้านอื่นๆ